Em 1 de Outubro de 1970 foi inaugurada, em Mafra, uma secção do Liceu D. Pedro V, criada para ministrar o Ensino Geral (3 anos) e o Ensino Complementar (2 anos). Funcionava, então, no edifício do ex-seminário, situado na Quinta da Raposa, comprada à Congregação de S. Vicente de Paula pela Câmara Municipal.
Finalmente, em 1 de Janeiro de 1976, ganhou autonomia e instituiu-se como um espaço próprio ao abrigo do Decreto-Lei n.º 260-B/75, de 26 de Maio.
Devido a ser a única escola secundária do concelho de Mafra, e devido ao aumento acelerado da população escolar, as suas instalações em breve se tornaram exíguas, sofrendo uma acentuada deterioração.
Passados 14 anos, foi inaugurado, num novo espaço, um novo edifício da Escola Secundária a 19 de Outubro de 1990.
Decorridos 22 anos, a Escola Secundária de Mafra assumiu como patrono o escritor José Saramago. Apesar de uma certa polémica, em 30 de Outubro de 1998, após o escritor ter sido galardoado com o Prémio Nobel da Literatura, pelo seu romance Memorial do Convento, o Ministério da Educação, através do Despacho nº20060/98 (2º série), de 30 de outubro, determinou que a Escola Secundária de Mafra se passasse a denominar Escola Secundária José Saramago - Mafra.
A Escola, actualmente, integra vários cursos dos ensinos diurno e noturno que pretendem corresponder às necessidades e expectativas dos alunos e da comunidade.
Ao longo da sua existência, sempre procurou responder aos desafios lançados pelas alterações no sistema educativo, evidenciando uma dinâmica de aperfeiçoamento das suas práticas socioeducativas, administrativas, e de inter-relação com o meio envolvente.
É preocupação da Escola promover bons níveis de realização das aprendizagens, investindo na formação e modernização dos seus recursos humanos e equipamentos. A Escola não é somente um lugar onde são ministrados conhecimentos que a cultura foi armazenando no decorrer do tempo. Cabe-lhe o papel de afirmar-se como um espaço de múltiplas atividades, enraizar-se, trocar influências, enriquecer comportamentos, valores e vivências dentro da sociedade em que está inserida. A Educação para a Cidadania é um pressuposto que a Escola Secundária José Saramago-Mafra prima por incrementar na preparação dos seus alunos, não só como cidadãos portadores de saber, mas também como cidadãos dotados de capacidades de agir, pensar e intervir socialmente.
