O Regulamento Interno define o regime de funcionamento da Escola Secundária José Saramago – Mafra, dos seus órgãos de administração e gestão, das suas estruturas de orientação educativa, de outras estruturas de coordenação e de supervisão e dos seus vários serviços, bem como os direitos e deveres dos membros da comunidade educativa. Define, igualmente as relações da Escola com a comunidade.
Estabelece ainda regras a observar em termos de funcionamento dos cursos científico-humanísticos, profissionais e de educação e formação e em termos de avaliação de desempenho do pessoal docente e não docente, dos alunos e da escola. Regulamenta também as normas gerais do funcionamento da escola, nomeadamente, o acesso às instalações e espaços escolares, as visitas de estudo, as atividades de enriquecimento curricular e extracurriculares e das estruturas associativas.